L'analyse des données de routine générées par les établissements de santé implique une évaluation de la qualité des données et des ajustements transparents, l'estimation de la taille de la population cible, l'analyse des tendances de la couverture, l'utilisation de mesures récapitulatives et l'évaluation des performances des districts.

La principale source de données pour le suivi des services de santé est le système d'information sanitaire de routine, qui est géré par les gouvernements par l'intermédiaire des ministères de la santé. Tous les établissements de santé rendent normalement compte des services tels que les consultations externes, les admissions, la morbidité et la mortalité, les naissances et les vaccinations. Ces données renseignent sur le volume de travail et décrivent indirectement la situation épidémiologique des populations des bassins versants. Dans la plupart des pays, ces données sont collectées à l'aide d'un grand nombre de registres et de formulaires de rapport, qui sont fournis aux bureaux de district où les informations sont numérisées. De nombreux pays utilisent le système d'information sanitaire de district (DHIS2) pour saisir, compiler, vérifier et transmettre les données au niveau national. Le système d'information sanitaire de routine comprend également des informations sur les établissements de santé telles que le nombre, le type et la propriété, le personnel de santé, les médicaments et les produits et d'autres indicateurs du système de santé.

Dans la mesure du possible, le CAD archivera les données de routine des établissements et les données du système de santé des pays collaborateurs du Compte à rebours. Si l'accord du pays est obtenu, les données seront dans le domaine public et accessibles à partir d'un portail de microdonnées APHRC. Cela peut également inclure les données de l'état civil des systèmes d'enregistrement des naissances et des décès, y compris les systèmes de surveillance sanitaire et démographique de certains pays collaborateurs.