Lors de la réunion annuelle de 2025, l’un des moments forts a été la démonstration d’une nouvelle application R Shiny développée par le partenariat Countdown et l’APHRC. Cet outil représente une avancée majeure pour rendre l’analyse des données de santé courantes plus accessible, plus conviviale et plus efficace pour les pays. Cette vidéo décrit les avantages de l’application :
Pourquoi l’application Shiny ?
Depuis des années, les partenaires de Countdown collaborent avec les ministères de la Santé et les instituts de recherche afin de renforcer leurs capacités d’analyse et d’utilisation des données courantes des établissements de santé. Les outils précédents comprenaient des tableaux de bord Excel et des codes Stata, mais ceux-ci nécessitaient des logiciels spécialisés et des compétences techniques. La nouvelle application R Shiny s’appuie sur cette expérience et offre une plateforme interactive accessible via un navigateur qui supprime de nombreux obstacles à l’utilisation. Après quelques étapes de configuration dans R et RStudio, les utilisateurs peuvent lancer le tableau de bord dans leur navigateur, télécharger leurs ensembles de données et commencer immédiatement à explorer les performances du système de santé et les tendances en matière de couverture des services.
Comme l’a déclaré le Dr Hannah Kagiri, responsable au ministère kenyan de la Santé : « C’est un outil vraiment extraordinaire, la meilleure innovation à ce jour. Il facilite grandement notre travail et s’inscrit parfaitement dans les objectifs de Countdown visant à améliorer les capacités des pays. »
Que peut faire l’application ?
L’application Shiny guide les utilisateurs tout au long du processus analytique complet des données de santé courantes : des contrôles qualité aux ajustements en passant par les analyses avancées. Ses principales fonctionnalités sont les suivantes :
- Contrôles de la qualité des données : évaluer les taux de déclaration, détecter les valeurs aberrantes, vérifier la cohérence interne et mesurer l’exhaustivité.
- Ajustement des données : appliquer des ajustements (tels que des corrections des taux de déclaration) et suivre les changements.
- Analyse nationale et infranationale : générer des résultats en matière de couverture, les comparer aux objectifs mondiaux et examiner les inégalités par région, niveau d’éducation ou richesse.
- Cartographie et visualisation : créer des cartes infranationales de la couverture, de la mortalité et de l’utilisation des services.
- Évaluations de l’équité : explorer les différences par zone géographique, groupe socio-économique ou autres facteurs de stratification.
- Performance du système de santé : analyser les indicateurs de prestation de services, comparer les systèmes nationaux et infranationaux et examiner les contributions du secteur public par rapport à celles du secteur privé.
Tout cela est réalisé à partir d’un tableau de bord intégré, dont les résultats sont affichés de manière interactive et peuvent être exportés à des fins de reporting ou de promotion.
Comment l’utiliser
ÉTAPE 1 : INSTALLER R ET RStudio. L’application Shiny fonctionne grâce à R (le langage de programmation statistique) et RStudio (l’environnement de développement intégré).
- Télécharger R : https://cran.r-project.org
- Télécharger RStudio : https://posit.co/download/rstudio-desktop
Une fois les deux programmes installés, ouvrez RStudio.
ÉTAPE 2 : CHARGEZ LE PAQUET. L’application Shiny est intégrée à la bibliothèque Countdown 2030 R. Commencez par vous assurer que le paquet devtools est installé. Installez et chargez le paquet Countdown 2030 Shiny.
ÉTAPE 3 : LANCER LE TABLEAU DE BORD. Une fois le paquet chargé, l’application peut être lancée à l’aide d’une seule commande : (dashboard()). Cela ouvrira automatiquement l’application dans votre navigateur Web par défaut.
ÉTAPE 4 : TÉLÉCHARGEZ VOS DONNÉES. Le premier onglet de l’application est l’écran Introduction et chargement des données. Vous pouvez y :
- Télécharger les données des établissements de santé (extraits DHIS2, par exemple).
- Télécharger les estimations et les données sur la mortalité de l’ONU (stockées dans le dossier ONU fourni).
- Télécharger les données d’enquête (sous forme de dossier).
L’application comprend des vérifications d’erreurs : si votre fichier présente des problèmes, l’application affichera un message avec des instructions sur la manière de corriger les erreurs courantes.
ÉTAPE 5 : EXÉCUTER LES ANALYSES. Une fois les données téléchargées, vous pouvez procéder étape par étape :
Contrôles de la qualité des données
- Taux de déclaration
- Détection des valeurs aberrantes
- Cohérence interne
- Exhaustivité des données
- Calculs de ratios
Ajustement des données
- Appliquer les ajustements des taux de déclaration
- Suivre les modifications dans un onglet récapitulatif des ajustements
Configuration de l’analyse
- Spécifier les dénominateurs (par exemple, Penta1 pour la couverture vaccinale, DHS2 pour les indicateurs maternels).
- Télécharger les fichiers d’enquête et de population.
Analyse nationale et infranationale
- Générez des résultats de couverture au niveau national et régional.
- Comparez-les aux objectifs mondiaux en matière de couverture.
- Explorer les inégalités par quintile de richesse, niveau d’éducation ou zone géographique.
Cartographie et évaluation de l’équité
- Créer des cartes par année, région et indicateur.
- Visualiser les écarts d’équité et la répartition de la couverture.
Mortalité et utilisation des services
- Analyser les indicateurs de mortalité institutionnelle, d’exhaustivité des données sur la mortalité et d’utilisation des services aux niveaux national et infranational.
Performance du système de santé
- Évaluer les indicateurs du système de santé aux niveaux national et infranational.
- Comparer les contributions des secteurs public et privé.
ÉTAPE 6 : EXPORTER LES RÉSULTATS ET LES INTERPRÉTER À L’AIDE DES CONSEILS. Chaque onglet d’analyse affiche des graphiques et des tableaux interactifs. Ceux-ci peuvent être exportés pour être utilisés dans des rapports ou des présentations. Pour obtenir des conseils détaillés sur l’interprétation, utilisez le bouton « Obtenir de l’aide » dans l’application. Celui-ci renvoie directement au guide Countdown hébergé sur GitHub, qui explique la méthodologie, les définitions et l’utilisation recommandée des résultats.
Regardez la vidéo tutoriel détaillée :
Pourquoi est-ce important ?
Pour les pays, la capacité d’analyser rapidement et de manière fiable les données courantes est cruciale pour :
- Suivre les progrès accomplis vers la réalisation des objectifs mondiaux et nationaux.
- Identifier les inégalités en matière de couverture et d’accès.
- Renforcer la responsabilité en matière de santé maternelle, néonatale, infantile et adolescente.
- Soutenir la prise de décision grâce à des données actualisées et générées localement.
En réduisant la dépendance à l’égard de compétences spécialisées en codage et en rendant les résultats accessibles d’un simple clic, l’application Shiny permet aux ministères, aux chercheurs et aux partenaires de transformer les données courantes en informations exploitables.
Accéder à l’application
L’application Shiny et les conseils associés sont gratuits et accessibles au public. L’ensemble complet, la documentation et les manuels sont accessibles via le référentiel GitHub de Countdown. Un code QR renvoyant au guide est également inclus dans l’interface de l’application.
Perspectives d’avenir
Le lancement de cette application R Shiny s’inscrit dans le cadre de la mission plus large de Countdown : renforcer les capacités des pays à analyser, interpréter et utiliser les données à des fins de responsabilisation et de plaidoyer. En rendant les outils analytiques puissants plus accessibles, nous contribuons à garantir que les données servent leur objectif ultime : améliorer la santé et la vie des femmes, des enfants et des adolescents.
Pour des exemples de résultats obtenus grâce à l’application, consultez les rapports de la réunion annuelle 2025.